Metode FFPE (Formalin Fixation and Paraffin Embedding) dari suatu jaringan dapan menjaga struktur morfologi dan selular dari jaringan tersebut. Hal ini mebuat jaringan bisa disimpan dengan suhu ruang dalam jangka Panjang, tanpa khawatir terjadi kerusakan pada jaringan. Prosedur FFPE diawali dengan melakukan fiksasi menggunakan formaldehyde, untuk menjaga agar protein dan struktur penting di dalam jaringan. Proses berikutnya adalah “menenggelamkan” jaringan yang sudah difiksasi di dalam blok paraffin, yang bertujuan untuk membuat jaringan lebih mudah dipotong sesuai dengan ukuran yang diinginkan. Proses ini relatif cukup Panjang untuk dikerjakan secara manual, terutama ketika diproses dalam jumlah yang banyak. Teknologi fiksasi dan embedded jaringan secara otomatis sangat membantu para laboran, terutama ketika memproses jaringan dalam jumlah yang sangat banyak.

                                                                                                                  TISSUE PROCESSOR HP300

(Dakewe product see more detail)

Jaringan FFPE umumnya berumur sangat lama dan banyak digunakan dalam berbagai aplikasi, mulai dari IHC hingga aplikasi molekuler seperti PCR hingga fragmen analisis. Hal ini membuat ekstraksi DNA dari sampel jaringan FFPE memiliki tantangan dibanding sampel lainnya.  Mulai dari fiksasi formalin yang menghasilkan cross-linking diantara protein dan DNA, serta perbedaan di antara utasan DNA. Hal tersebut menghasilkan dna yang dipurifikasi sering dalam kondisi terfragmentasi dan juga terdegrasi. Penggunaan DNA/RNA dari sampel dengan kondisi tersebut sering menyebabkan masalah pada saat pengujian (Wieczorek et al., 2014). Berdasarkan hal tersebut, pengujian kualitas dari DNA hasil dari sampel FFPE menjadi sangat penting untuk dilakukan, untuk mencegah hasil pengujian yang tidak baik.

Terdapat berbagai metode QC yang umum digunakan untuk mengecek kualitas dari sampel DNA, mulai dari Tapestation, SYBR atau qPCR, hingga ProNex DNA QC assay yang juga menggunakan qPCR. Dibandingkan dengan metode lainnya, ProNex DNA QC assay dilengkapi dengan primer probe set yang mampu mendeteksi beberapa target gen dengan ukuran 75bp, 150bp dan 300 bp dan dilengkapi dengan Internal Positive Control (IPC) untuk mendeteksi hasil false-negative yang mungkin terjadi ketika terdapat kehadiran inhibitor dalam PCR.  Tidak hanya untuk mengecek derajat degradasi dan fragmentasi dari sampel, produk ini juga bisa digunakan untuk mengecek ada tidaknya kontaminasi dna genom dalam sampel ccfdna serta untuk mengevaluasi apakah dna cocok untuk digunakan pada analisis downstream, seperti next generation sequencing dan ddPCR.