SEQUENCING : PRINSIP, FUNGSINYA

PRINSIP & FUNGSI SEQUENCING

Sekuensing (Sequencing) DNA adalah proses penentuan urutan asam nukleat atau nukleotida pada DNA. Pengetahuan tentang urutan DNA sangat diperlukan untuk penelitian biologi dasar, dan dalam berbagai bidang terapan seperti diagnosis medis, bioteknologi, biologi forensik, virologi dan sistematika biologi. Membandingkan urutan DNA yang normal dengan DNA mutan dapat membantu dalam diagnosis berbagai penyakit termasuk berbagai kanker, yang digunakan untuk pemilihan perawatan yang tepat untuk pasien. Terdapat beberapa metode dalam sekuensing DNA, tetapi banyak peneliti yang tetap mengacu pada metode yang paling umum yaitu Sanger Sequencing. 

Sanger sequencing adalah teknik sekuensing menggunakan primer oligonukleotida untuk mencari daerah DNA tertentu. Tahapan sekuensing dimulai dengan denaturasi DNA untai ganda. Kemudian primer oligonukleotida akan menempel pada DNA utas tunggal dan diperpanjang menggunakan campuran deoksinukleotida trifosfat (dNTPs). Nukleotida arginin (A), sitosin (C), tirosin (T), dan guanin (G) dibutuhkan untuk membentuk untai ganda baru. Selain itu, terdapat sejumlah kecil dideoksinukleotida trifosfat (ddNTP) sebagai pemutus rantai. Sekuensing akan terus berlanjut dengan dNTP hingga ddNTP berikatan dengan DNA utas tunggal. Setiap ddNTP (ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP) juga memiliki marker fluoresen yang akan berperpendar ketika ddNTP menempel pada DNA utas tunggal. Laser di dalam mesin akan membaca urutan DNA dengan mendeteksi intensitas fluoresen dari ddNTP. 

Gambar 1

Spectrum Compat CE (Promega, USA)

Spectrum Compact CE System adalah instrumen otomatis untuk melakukan Sanger Sequencing dan analisis fragmen lainnya. Spectrum CE System menggabungkan fungsionalitas analisis STR mutakhir dengan peningkatan fleksibilitas pengoperasian, analisis otomatis, dan perangkat lunak yang mudah digunakan. Spectrum dirancang untuk digunakan dengan kit STR komersial 4-, 5- dan 6-pewarna dari Promega, Applied Biosystems dan Qiagen. Memiliki 4 kapilaritas (36 cm), kapasitas 32 sampel (4×8-well strip tubes), dan 2 tipe polimer (4 dan 7)

Product	System	Brand	Catalog
Spectrum Compact CE System	4-Capillary System	Promega	CE1304
Spectrum Compact CE System	Starter Kit	Promega	CE1307
Spectrum Compact CE System	Starter Kit with Service	Promega	CE1305

 

JASA SEQUENCING

Indolab Utama menyediakan jasa untuk sequencing dari macrogen, seperti Standard Sequencing, Next Generation Sequencing, Sequencing (WGS, WTS, WES, dan Metagenomic), dan Customized Sequencing (Difficult Sequencing, 16s/18s/26s rRNA/ITS full Sequencing, Primer Walking, Fragment Analysis/Human ID, Cloning, Human mtDNA full length sequencing, SNP, dan Library Construction). Selain jasa untuk sequencing, Indolab Utama juga mempunyai jasa untuk pembuatan gen sintesis dan oligo sintesis. 

• Standard Sequencing

• • Single – pemrosesan cepat dalam tabung, sampel dapat dikirimkan dalam bentuk plasmid, produk PCR tidak murni, dan DNA murni
  • Plate – analisis sampel dalam jumlah besar pada 96-well plates dapat dikirimkan dalam bentuk plasmid  produk PCR tidak murni, dan DNA murni
  • Menyediakan produk PCR murni dan plasmid rekombinan

• Customized Sequencing

• • Difficult Sequencing – untuk DNA cetakan yang tidak bisa dilakukan sequencing dengan BigDye v.3.1, AB. Seperti struktur hairpin, template yang tinggi GC, DNA dengan sekuen repetitif panjang, dan DNA dengan homopolimer panjang
  • Analisis untuk genotyping, DNA profiling, deteksi mutasi
  • Analisis untuk genom bakteri (16s), genom fungi (18s/26s ITS), dan analisis metagenomik (untuk identifikasi galur mikroorganisme)
  • Primer Walking – analisis PCR atau plasmid yang tidak bisa dibaca oleh primer tunggal.  Digunakan untuk mendapatkan informasi sekuen sepanjang 2-15kb. Pemanjangan dilakukan dengan merangkai primer internal pada titik yang spesifik. Membutuhkan waktu 1 minggu untuk pembacaan 1-1.5kb
  • Meningkatkan produk PCR yang terkontaminasi

 

PT. Indolab Utama Distributor Alat Kesehatan yang menyediakan berbagai kebutuhan Laboratorium anda. Untuk Info lebih lengkap dapat klik icon Whatsapp untuk, support@indolabutama.com atau kunjungi Instagram @indolab_utama untuk mengetahui katalog product terbaru dan promo menarik.