CES (Capillary Electrophoresis Sequencing) dan Perbandingannya dengan Metode Sekuensing Lainnya

Capillary Electrophoresis Sequencing (CES) – adalah sebuah teknik yang digunakan untuk menentukan urutan basa nitrogen dalam DNA. Metode ini sangat penting dalam berbagai bidang seperti genetika, biologi molekuler, dan forensik.

 

Bagaimana CES Bekerja?

CES memanfaatkan prinsip elektroforesis untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukurannya. Sampel DNA yang telah dipecah menjadi fragmen-fragmen pendek dimasukkan ke dalam sebuah kapiler yang berisi gel polimer. Ketika arus listrik dialirkan, fragmen DNA akan bergerak melalui gel dengan kecepatan yang berbeda-beda tergantung pada ukurannya. Fragmen yang lebih pendek akan bergerak lebih cepat daripada fragmen yang lebih panjang.

Ketika fragmen DNA mencapai ujung kapiler, mereka akan melewati sebuah detektor laser. Interaksi antara DNA dan laser akan menghasilkan sinyal fluoresensi yang unik untuk setiap basa nitrogen (adenin, timin, guanin, dan sitosin). Sinyal fluoresensi ini kemudian dikonversi menjadi data digital yang dapat dianalisis untuk menentukan urutan basa nitrogen dalam DNA.

Perbandingan CES dengan Metode Sekuensing Lainnya

• Sanger Sequencing:
  • Metode klasik yang menggunakan dideoxynucleotides (ddNTP) untuk menghentikan sintesis DNA.
  • Hasilnya lebih pendek dibandingkan CES.
  • Lebih lambat dan lebih mahal daripada CES.
• Next-Generation Sequencing (NGS):
  • Metode yang lebih baru dan menghasilkan data dalam jumlah besar secara paralel.
  • Contoh NGS: Illumina, PacBio, Nanopore.
  • Lebih cepat dan lebih murah daripada Sanger Sequencing, tetapi lebih kompleks dan membutuhkan peralatan yang lebih canggih.
• CES:
  • Kecepatan sedang, biaya sedang.
  • Akurasi tinggi untuk fragmen DNA yang pendek.
  • Cocok untuk aplikasi yang membutuhkan hasil cepat dan akurat untuk sejumlah kecil sampel.

Kapan Menggunakan CES?

CES paling cocok digunakan untuk:

• Analisis sampel yang relatif sedikit: CES sangat efisien untuk menganalisis sejumlah kecil sampel.
• Fragmen DNA yang pendek: CES sangat akurat dalam menentukan urutan fragmen DNA yang pendek.
• Aplikasi yang membutuhkan hasil cepat: CES dapat menghasilkan hasil dalam waktu yang relatif singkat.
• Verifikasi hasil sekuensing: CES sering digunakan untuk memverifikasi hasil yang diperoleh dari metode sekuensing lainnya.

Kesimpulan

CES adalah salah satu metode sekuensing DNA yang penting dan memiliki kelebihan serta kekurangan masing-masing dibandingkan dengan metode sekuensing lainnya. Pemilihan metode sekuensing yang tepat akan tergantung pada jenis sampel, jumlah sampel, panjang fragmen DNA, dan anggaran yang tersedia.

 

PT. Indolab Utama Distributor Alat Kesehatan yang menyediakan service CES Sequencing dari Macrogen. Untuk Info lebih lengkap dapat klik icon Whatsapp untuk, support@indolabutama.com atau kunjungi Instagram @indolab_utama untuk mengetahui katalog product terbaru dan promo menarik.