THERMOCYCLERS : PRINSIP & JENISNYA

PENGERTIAN & PRINSIP THERMOCYCLERS

Thermocyclers merupakan alat laboratorium yang digunakan untuk mengamplifikasi materi asam nukleat dengan menerapkan teknik PCR. Dalam biologi molekuler, thermocycler dapat digunakan untuk sekuensing DNA, amplifikasi DNA dan RNA, dan mempelajari ekspresi gen. 

Prinsip kerja PCR adalah mereplikasi DNA target yang melibatkan beberapa tahap dalam siklus berulang. DNA utas ganda sebagai template DNA akan dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (annealing) pada situs spesifik dari target DNA. DNA Polimerase digunakan untuk memperpanjang primer dengan adanya dNTP (dATP, dCTP, dGTP dan dTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 – 40 siklus. Sekuen DNA target yang diinginkan akan meningkat secara eksponensial setelah siklus keempat.

Langkah kerja PCR dibagi menjadi tiga tahap berikut:

• Denaturasi / denaturasi (96 ° C): Selama proses denaturasi, untai ganda DNA akan terpisah menjadi DNA untai tunggal.
• Annealing (55-65 ° C): Primer akan menempel pada situs spesifik dalam urutan DNA untai tunggal.
• Perpanjangan (72 ° C): Pada suhu ini, enzim Taq polimerase akan membentuk untaian DNA baru dengan penambahan dNTP

Berikut adalah komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah :

• DNA template : cetakan untuk pembentukan untaian DNA baru
• Sepasang Primer : oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA template
• dNTPs (Deoxynucleotide triphosphates) : campuran dATP, dTTP, dCTP, dGTP sebagai building block DNA dalam proses perpanjangan.
• Buffer PCR : mempertahankan pH optimum untuk reaksi PCR dapat berjalan
• Magnesium Klorida (MgCl2) : kofaktor untuk menstimulasi aktivitas DNA polimerase dengan meningkatkan interaksi primer dan template.
• Enzim polimerase DNA : enzim katalis untuk reaksi polimerisasi deoksiribonukleotida menjadi rantai DNA

JENIS-JENIS THERMOCYCLER :

Selain PCR konvensional/PCR biasa, juga terdapat qPCR (quantitative PCR) atau juga dapat disebut RT-PCR (real time-PCR). Yang membedakan PCR konvensional dengan qPCR adalah bagaimana data hasil amplifikasinya. Pada PCR konvensional setelah proses PCR (denaturasi, annealing/penempelan, dan elongasi) selesai, biasanya produk PCR baru dapat dianalisis hasilnya menggunakan gel elektroforesis. Pita/band yang muncul pada gel elektroforesis merupakan produk PCR dan hasilnya dibandingkan dengan band kontrol atau standar. Sedangkan pada qPCR, akumulasi produk PCR dapat dianalisis  bersamaan dengan terjadinya proses amplifikasi sehingga ketika alat selesai bekerja, data hasil amplifikasi dapat langsung dianalisis. Hal ini tentunya mempersingkat waktu eksperimen dan mengurangi kemungkinan terjadinya kontaminasi karena meniadakan proses elektroforesis. Fluoresens yang terdapat pada reagen PCR juga memungkinkan keseluruhan proses amplifikasi terbaca, berbeda dengan jenis endpoint PCR dimana hanya hasil akhir amplifikasi saja yang dapat diketahui.

Gambar 1

MultiGene OptiMax Thermal Cycler (LabNet, USA)

MultiGene OptiMax baru menghadirkan kecepatan dan fitur baru ke Thermal Cycler. Menggunakan user interface  yang mudah, memiliki kecepatan operasi yang jauh lebih besar dengan meningkatkan kecepatan ramping dan menghilangkan overshooting atau undershooting dengan berkontribusi pada waktu pemakaian yang lebih lama.

Fitur  & Kelebihan MultiGene OptiMax Thermal Cycler :

• Pemrograman Fleksibel Unik dengan teknologi FlexTemp™
• User Interface yang sederhana
• Heating rate : 5 °C/detik
• Cooling rate : 3,5 °C/detik
• Dapat mengatur 6 suhu berbeda pada tiap well yang berbeda dalam 1 reaksi, dengan perbedaan suhu maksimal 24°C
• Tidak ada kondensasi setelah pendinginan semalam pada 4°C
• Jangkauan suhu : 4°C – 99°C

 

Gambar 2

MyGo PRO (IT-IS, UK)

Instrumen PCR MyGo Pro real-time memberikan kinerja yang tak tertandingi dalam format yang nyaman. Optik Spektrum Penuh Novel menghadirkan 120 saluran optik data fluoresensi dari setiap tabung secara paralel, tanpa bagian yang bergerak, untuk PCR multipleks yang andal. Elemen Peltier berkinerja tinggi, dan blok perak solid, memberikan kecepatan dan keseragaman termal terdepan di dunia.

Fitur  & Kelebihan MyGo PRO :

• Jumlah well : 32 (0,1 mL tubes, 8 well strips)
• Deteksi optikal dengan panjang gelombang 300-800 nm
• Deteksi dengan 4 channel, dapat dijalankan dengan 4 gen target dalam 1 well yang sama
• Pre-calibrated dyes : SYBR Green, ResoLight, FAM, VIC, HEX, Cy5, ROX, Yellow 555, Red 610, TexasRed, CAL 540, CAL 560, CAL 590, CAL 610, CAL 635, JOE, Pulsar 650, Quasar 570, Quasar 670, Quasar 705, TAMRA, TET.
• Jangkauan suhu : 37°C – 99°C
• Heating rate : 5 °C/detik
• Cooling rate : 4 °C/detik

Gambar 3

Lepgen-96 Real-Time PCR System (LepuMedical, China)

Sistem PCR Real-Time Lepgen-96 memiliki sistem kontrol suhu dan pemanasan yang stabil dan akurat bersama dengan sistem optik yang sangat baik. Sistem yang ekonomis dan praktis memberikan kinerja yang kuat dan komprehensif.

Fitur  & Kelebihan Lepgen-96 Real-Time PCR System :

• Jumlah well : 96  (0,2 mL tubes, 8 well strips)
• Deteksi optikal dengan panjang gelombang 300-800 nm
• Deteksi dengan 4 channel, dapat dijalankan dengan 4 gen target dalam 1 well yang sama
• Pre-calibrated dyes : FAM/SYBR-Green,  HEX, JOE, VIC, TET, ROX Texas -Red, CY5
• Jangkauan suhu : 4°C – 99°C
• Ramping rate/heating & cooling rate : 1.5°C/detik

PRODUCT	SIZE	BRAND	CATALOG
MultiGene OptiMax Thermal Cycler 115V	1 Unit	LabNet	TC9610
MultiGene OptiMax Thermal Cycler 230V	1 Unit		TC9610-230
MyGo PRO 32 Sample 4-Plex Realtime PCR System	1 Unit	IT-IS	MyGo Pro
MyGo PRO ESR 32 Sample 5-Plex Realtime PCR System	1 Unit		MyGo PRO ESR
MyGo Mini S 6 Sample 2-Plex Realtime PCR System	1 Unit		MyGo Mini S
Lepgen-96 Real-Time PCR System	1 Unit	LepuMedical	Lepgen-96

 

PT. Indolab Utama Distributor Alat Kesehatan yang menyediakan berbagai kebutuhan Laboratorium anda. Untuk Info lebih lengkap dapat klik icon Whatsapp untuk, support@indolabutama.com atau kunjungi Instagram @indolab_utama untuk mengetahui katalog product terbaru dan promo menarik.