Usus dalam tubuh manusia dilapisi oleh setidaknya 100 juta sel saraf yang sebagian besar terhubung dengan otak. Ia bisa berkomunikasi langsung dengan otak. Misalnya memberikan sinyal ketika merasa lapar, atau saat kenyang. Gut Mikrobiota, atau mikrobiota usus, yang berisi triliunan mikroorganisme dengan sekitar 2000-3000 spesies yang berbeda serta total gen sekitar 150 kali lebih banyak dari gen manusia, memiliki peranan penting di dalam kesehatan tubuh. Perkembangan gut mikrobiota dipengaruhi oleh beberapa faktor, yaitu diet (pola makan), genetik, umur, daerah, kebiasaan, aktivitas fisik, obat-obatan, dan faktor yang lain. Perkembangan gut mikrobiota ini sangat bermanfaat untuk melihat penyebab penyakit kita, treatment untuk obesitas dan dapat menentukan diet seseorang, untuk melihat spesies dari hewan liar, untuk treatment pengobatan dan masih banyak lagi.
Saat ini ilmu gut mikrobiota berkembang dengan pesat, apalagi kini menggunakan teknik molekuler seperti teknik PCR (Polimerase Chain Reaction) dengan berbagai jenis primer tidak hanya bakteri-bakteri yang telah dikulturkan saja yang dapat terdeteksi, namun juga termasuk unculturable microorganism, yang justru lebih dominan di dalam usus sehingga jenis maupun jumlah mikroorganisme yang terdapat di saluran pencernaan dapat diperkirakan. Apalagi didukung dengan peralatan canggih seperti Next Generation Sequencing (NGS) dapat diperoleh informasi megenai mikrobiota, mikrobiota, metagenomic, metatranscriptomic, metabolomics, gene profile. Selanjutnya, metode kultur maupun metode non kultur dapat digunakan untuk menjawab mikroorganisme yang terdapat dalam mikrobiota usus. Dengan NGS dapat dilakukan gen profiling serta analisis berbagai gen-gen fungsional yang terdapat pada komunitas mikrobiota usus. Gen profilling dan gen-gen fungsional dapat digunakan untuk mengetahui kegiatan yang dilakukan oleh mirobiota usus.
Adapun sebelum dilakukannya pengujian ke pcr maupun ke tahap NGS, ada tantangan tersendiri dari penelitian gut mikrobiota ini yaitu ekstraksi dari sampel feses. Sampel feses merupakan sampel yang kompleks dan memiliki inhibitor. Menurut Acharaya et.al 2017 bahwa 19,94% ekstrak DNA dari kotoran sapi menunjukkan beberapa bukti penghambatan. Pengenceran lima kali lipat dari ekstrak DNA menyebabkan peningkatan rata-rata kuantisasi DNA sebesar 3,3 kali lipat yang akibatnya meningkatkan sensitivitas uji qPCR dari 55 menjadi 80% dibandingkan dengan kultur tinja. Oleh sebab itu Promega memiliki produk ekstraksi feses semi otomatis yaitu kit Maxwell Fecal Mikrobiota.
Maxwell® RSC Fecal Microbiome DNA Kit
Maxwell fecal mikrobiota ini dapat menghancurkan sel untuk komunitas bakteri karena dalam komposisi lysis buffer dari kit ini dapat menghancurkan bakteri gram positif dan gram negatif. Kit ini hanya memiliki 9 step hands on sehingga mudah digunakan dan mengurangi terjadinya kontaminasi silang. Kit ini juga dapat mengurangi atau meminimalisir adanya potensial inhibitor karena pada saat proses ekstraksinya kit ini memiliki beberapa step untuk pencucian (washing) dan kit ini juga tidak memerlukan instrument tambahan yaitu sonikator dan bead beating. Hasil dari kit ini memiliki hasil yield yang tinggi dan dapat digunakan untuk downstream analysis (pcr, sequencing dan NGS). Berikut hasil yield dari kit Maxwell fecal mikrobiota:
Gambar 1. hasil yield DNA dari sampel feses menggunakan kit maxwell fecal mikrobiota.
Gambar 2. konsentrasi DNA dari sampel feses menggunakan kit maxwell fecal mikrobiota.
Selain kit semi otomatis, Promega juga mempunyai kit manualnya yang berbasis spin column yaitu Reliaprep Blood gDNA Miniprep, walaupun nama kitnya masih blood atau darah, kit tersebut juga dapat di aplikasikan untuk sampel feses, berikut hasil pcr untuk mendeteksi zika virus dan cmv virus dari ekstraksi feses menggunakan kit Reliaprep Blood gDNA Miniprep.
Reliaprep Blood gDNA Miniprep
PT. Indolab Utama Distributor Alat Kesehatan yang menyediakan berbagai kebutuhan Laboratorium anda. Untuk Info lebih lengkap dapat klik icon Whatsapp untuk, support@indolabutama.com atau kunjungi Instagram @indolab_utama untuk mengetahui katalog product terbaru dan promo menarik.
